Afriška stranka za neodvisnost Gvineje in Zelenortskih otokov (PAIGC) je v teh portugalskih kolonijah našla pripravljeno podporo za svoje sporočilo o družbenem in gospodarskem napredku s politično revolucijo. Leta 1961 je sprejela zastavo, nekoliko podobno tisti iz sosednjih neodvisnih držav Gvineje in Gane, ki so nato razpravljale o prihodnji federaciji zahodnoafriških dežel. Osvobodilno gibanje za Gvinejo Bissau je svoji vseafriški rdeče-rumeno-zeleni barvi dodalo črno zvezdo na traku dvigala. Ta črta in zvezda sta geografsko ustrezala zahodnemu obalnemu območju z glavnim mestom Bissau (iz katerega je izhajalo nacionalno ime). Vodoravne črte na preostalem delu zastave in njihova rumena in zelena barva sta približno ustrezali savnam na severu in gozdom juga.
Uradno naj bi bila črna zvezda simbol vodstva PAIGC, njena barva pa se nanaša na afriške ljudi in njihovo odločnost, da živijo v dostojanstvu, svobodi in miru. Rumena je bila razlagana kot simbol letine in sadov dela, tako v kmetijstvu kot tudi drugače. Green je spomnil na velike džungle in kmetijske dežele, ki so nudile preživetje veliki večini državljanov. Strankarska zastava je vsebovala tudi začetnice PAIGC, izpuščene ob razglasitvi neodvisnosti 24. septembra 1973. Portugalska ni priznala Gvineje Bissau ali njene zastave šele po lastni revoluciji leta 1974; kljub temu je bil velik del Gvineje Bissau že pod nadzorom PAIGC in njegove zastave. Zelenortski otoki so na koncu opustili marksistično politiko PAIGC in spremenili državno zastavo, vendar Gvineja Bissau ohrani prvotno zasnovo.
