Pepsin, močan encim v želodčnem soku, ki prebavi beljakovine, kot so beljakovine v mesu, jajcih, semenih ali mlečnih izdelkih. Pepsin je zrela aktivna oblika zimogena (neaktivnega proteina) pepsinogena.
Pepsin je leta 1836 prvič prepoznal nemški fiziolog Theodor Schwann. Leta 1929 je o kristalizaciji in naravi beljakovin poročal ameriški biokemik John Howard Northrop z Inštituta za medicinske raziskave Rockefeller. (Northrop je pozneje prejel delež Nobelove nagrade za kemijo leta 1946 za svoje delo pri uspešnem čiščenju in kristalizaciji encimov.)
Žleze v sluznici sluznice želodca naredijo in shranijo pepsinogen. Impulsi iz vagusnega živca ter hormonski izločki gastrina in sekreina spodbujajo sproščanje pepsinogena v želodec, kjer ga pomešamo s klorovodikovo kislino in hitro pretvorimo v aktivni encim pepsin. Prebavna moč pepsina je največja pri zakisanosti običajnega želodčnega soka (pH 1,5–2,5). V črevesju se želodčne kisline nevtralizirajo (pH 7) in pepsin ni več učinkovit.
V prebavnem traktu pepsin vpliva le na delno razgradnjo beljakovin v manjše enote, imenovane peptidi, ki se nato iz črevesja absorbirajo v krvni obtok ali pa jih razgradijo encimi trebušne slinavke.
Majhne količine pepsina prehajajo iz želodca v krvni obtok, kjer razgradi nekatere večje ali še vedno delno prebavljene delce beljakovine, ki jih je lahko absorbiral tanko črevo.
Kronični povratni tok pepsina, kisline in drugih snovi iz želodca v požiralnik je osnova za refluksne razmere, zlasti gastroezofagealno refluksno bolezen in laringofaringealni refluks (ali ekstraezofagealni refluks). V slednjem pepsin in kislina potujeta vse do grla, kjer lahko povzročita poškodbo sluznice grla in povzročata simptome, ki segajo od hripavosti in kroničnega kašlja do laringospazma (nehotenega krčenja glasilk) in raka grkinje.
Pepsin se pripravlja komercialno iz prašičjih želodcev. Surovi pepsin se uporablja v usnjarski industriji za odstranjevanje dlak in ostankov tkiva z živalskih kož, preden se porjavijo. Uporablja se tudi pri pridobivanju srebra iz zavrženih fotografskih filmov s prebavo želatinske plasti, ki vsebuje srebrno spojino.
