Biogeokemija, študija obnašanja anorganskih kemičnih elementov v bioloških sistemih geološkega obsega v nasprotju z organsko geokemijo, ki je preučevanje organskih spojin, ki jih najdemo v geoloških materialih in meteoritih, vključno s tistimi iz problematičnega biološkega izvora. Teme, ki jih uvrščamo med biogeokemijo in organsko geokemijo, vključujejo izvor nafte, izvor življenja, sestavo primitivnih atmosfer, biogeokemično iskanje mineralnih nahajališč, izvor nekaterih rudnih nahajališč, kemijo naravnih voda, nastajanje tal in kemijo premoga. Skoraj na vse geološke procese, ki se dogajajo na Zemljini površini, vpliva biološka aktivnost.
