Comayagua, mesto, zahodno-osrednji Honduras, na desnem bregu reke Humuya v rodovitni dolini.
Mesto, ustanovljeno leta 1537 kot Valladolid de Santa María de Comayagua, je mesto služilo kot špansko kolonialno glavno mesto province Honduras. Za vladno okrožje Tegucigalpa se uporablja različica njegovega imena Comayaguela. Škoda je utrpela v političnih prevratih Hondurasa v 19. stoletju in v rivalstvu s Tegucigalpo zaradi položaja državnega kapitala, vendar je šele leta 1880 glavno mesto končno preneslo v Tegucigalpo. Mesto je utrpelo tudi škodo zaradi večjih potresov in večkratnih požarov.
Kolonialne zgradbe vključujejo znamenito špansko baročno katedralo (1715), štiri cerkve iz 16. stoletja in nekdanjo univerzo - prvo v Srednji Ameriki, ustanovljeno leta 1632. Comayagua izdeluje farmacevtske izdelke, čevlje, smole, izdelke iz cementa in keramiko; je trgovsko središče zahodnega Hondurasa. Nacionalni kmetijski center se nahaja v mestu. Velik del centra, vključno s katedralo in osrednjim parkom, je bil obnovljen, da bi obnovil mestno kolonialno vzdušje in edinstven čar.
Med mestom pelje Interkeanska cesta. Comayagua ima tudi letališče, ki so ga v začetku osemdesetih let nadgradili v vojaško letalsko bazo. Tik pred Comayagua je Palmerola, glavna ameriška vojaška baza v Hondurasu, ki si jo delijo z honduraško letalsko silo. Pop. (2001) 55,368; (2013) 92,883.
