Trentinski svet.
Papež Pavel je maja 1536 objavil sklic svojega predlaganega sveta, ki bo potekal v Mantui. Izbrano skupino kardinalov je tudi pooblastil za pripravo poročila o zlorabah znotraj cerkve. Ta skupina, ki jo je vodil kardinal Gasparo Contarini, je zanikala ordinacijo slabo pripravljenih duhovnikov, izbiro nesposobnih škofov, kopičenje dobrotnikov in dekadenco verskih redov, pridiganje in skrb za duše. Poročilo pa je padlo v protestantske roke in ga je Luther uporabil v nasilnem napadu na rimsko cerkev in papeštvo. Kljub temu je papež zasledoval načrte, da bi koncil, ki naj bi bil odprt 23. maja 1537 v Mantui, izvedel. Paul je z neskončno potrpežljivostjo poskušal premagati nasprotovanje cesarja, kraljev, prelatov in knezov, tako da je za devet let znova in znova odložil odprtje sveta, vendar mu je na koncu uspel njegov legat, kardinal Giovanni del Monte, v Trentu 13. decembra 1545.
Cesar je v spoštovanje hripavosti protestantov vztrajal, da se svet omeji predvsem na disciplino in reformo. Kljub temu je prevladala papeževa odločitev, da bodo doktrinarne zadeve prevladale, in na svojih zgodnjih zasedanjih je Trentinski svet izdal odloke o kanonu Svetega pisma, izvirnem grehu, opravičevanju in zakramentih ter o reformi. Strahovi pred kugo in grožnja napadom oboroženih protestantskih sil so papeža prisilili, da je februarja 1548 sprejel premestitev sveta v Bologno. Toda cesar je španskim in nemškim prelatom prepovedal oditi v Bologno, papež pa je moral ustaviti Svet 17. septembra 1549. Kljub temu je ta prva faza Trentinskega sveta naredila pomemben korak naprej, kar je vodilo do temeljite reforme cerkvenega učenja in discipline.
Papež Pavel je ves čas svojega pontifikata pogosto obiskal težave v papeških državah in zunaj njega. V Civitavecchia je bil leta 1535 in 1537; leta 1538 obiskal Lukco in Piacenzo na poti v Nico; se je pojavil v Perugii, da bi umiril mesto, potem ko so njegove sile leta 1540 podrle moč družine Colonna; in leta 1543 obiskal Bologno na poti v Busseto, da bi se srečal s cesarjem.
