Razvoj cepiva
V začetku 1870-ih je Pasteur že pridobil velik ugled in spoštovanje v Franciji, leta 1873 pa je bil izbran za pridruženega člana Académie de Médecine. Kljub temu pa zdravstvena ustanova neradi sprejema njegovo teorijo o zarodkih, predvsem zato, ker izvira iz kemike. Vendar je Pasteur v naslednjem desetletju razvil splošno načelo cepljenja in prispeval k temelju imunologije.
Pasterovo prvo pomembno odkritje v študiji cepljenja je prišlo leta 1879 in zadevalo bolezen, imenovano piščančja kolera. (Danes so bakterije, ki povzročajo bolezen, uvrščene v rod Pasteurella.) Pasteur je dejal: "Šansa je naklonjena le pripravljenemu duhu," in naključno opazovanje, s pomočjo katerega je odkril, da so kulture piščančjih kolere izgubile svojo patogenost in se ohranile "oslabljene" patogene značilnosti v mnogih generacijah. Kokoši je cepil z oslabljeno obliko in dokazal, da so piščanci odporni na popolnoma virulenten sev. Od takrat naprej je Pasteur vse svoje eksperimentalno delo usmeril v problem imunizacije in to načelo uporabil pri mnogih drugih boleznih.
Pasteur je začel preiskovati antraks leta 1879. Takrat je epidemija antraksa v Franciji in nekaterih drugih delih Evrope usmrtila veliko število ovac, bolezen pa je napadla tudi ljudi. Nemški zdravnik Robert Koch je napovedal izolacijo antraks bacila, kar je potrdil Pasteur. Koch in Pasteur sta samostojno predložila dokončne eksperimentalne dokaze, da je bil bakterija antraks resnično odgovorna za okužbo. To je trdno vzpostavilo zarodno teorijo bolezni, ki je nato postala temeljni koncept medicinske mikrobiologije.
Pasteur je želel načelo cepljenja uporabiti za antraks. Pripravil je oslabljene kulture bacila, potem ko je določil pogoje, ki so organizmu izgubili virulenco. Spomladi 1881 je dobil finančno podporo, večinoma od kmetov, za izvedbo obsežnega javnega poskusa imunizacije proti antraksu. Eksperiment je potekal v mestu Pouilly-le-Fort, ki se nahaja na južnem obrobju Pariza. Paster je imuniziral 70 domačih živali in poskus je bil popoln uspeh. Postopek cepljenja je vključeval dve cepljenju v razmiku 12 dni s cepivi različnih potencialov. Eno cepivo iz kulture z nizko virulenco je dalo polovici ovac, sledilo pa je drugo cepivo iz bolj virulentne kulture kot prvo. Dva tedna po teh začetnih cepitvah so bile cepljene in kontrolne ovce cepljene z virulentnim sevom antraksa. V nekaj dneh so vse kontrolne ovce poginile, medtem ko so vse cepljene živali preživele. To je mnoge prepričalo, da je Pasterjevo delo res veljavno.
Po uspehu eksperimenta cepljenja proti antraksu se je Pasteur osredotočil na mikrobni izvor bolezni. Njegove raziskave živali, okuženih s patogenimi mikrobi, in njegove študije mikrobnih mehanizmov, ki pri živalih povzročajo škodljive fiziološke učinke, so ga postale pionirja na področju infekcijske patologije. Pogosto se govori, da je angleški kirurg Edward Jenner odkril cepljenje in da je Pasteur izumil cepiva. Dejansko je skoraj 90 let po tem, ko je Jenner sprožil imunizacijo proti strupi, razvil še eno cepivo - prvo cepivo proti steklini. Odločil se je, da bo napadal steklino leta 1882, v letu sprejema v Académie Française. Steklina je bila grozna in grozna bolezen, ki je stoletja skrivala ljudsko domišljijo zaradi svojega skrivnostnega izvora in strahu, ki ga je ustvarila. Osvajanje tega bi bilo Pasterjevo zadnje prizadevanje.
Pasteur je posumil, da je povzročitelj stekline mikrob (za povzročitelja je bilo kasneje odkrito, da je virus, neživa oseba). Premajhno je bilo videti pod Pasterovim mikroskopom, zato je eksperimentiranje z boleznijo zahtevalo razvoj popolnoma novih metodologij. Pasteur se je odločil, da bo izvedel svoje poskuse z zajci in povzročil povzročitelja okužbe z živali na žival z intracerebralnimi inokulami, dokler ni dobil stabilnega pripravka. Da bi ublažil nevidno sredstvo, je sušil hrbtenjače okuženih živali, dokler pripravek ni postal skoraj neresiven. Pozneje je spoznal, da ga je namesto ustvarjanja oslabljene oblike sredstva dejansko nevtraliziralo. (Paster je nevtralizacijski učinek dojel kot ubijalni učinek na sredstvo, saj je sumil, da je sredstvo živ organizem.) Tako je precej nevede, namesto oslabljenih živih mikroorganizmov, povzročil nevtralizirano sredstvo in odprl pot za razvoj cepiva drugega razreda, znanega kot inaktivirana cepiva.
6. julija 1885 je Pasteur cepil Josepha Meistra, devetletnega dečka, ki ga je ugriznil besni pes. Cepivo je bilo tako uspešno, da je Pasterju prineslo takojšnjo slavo in slavo. Na stotine drugih žrtev ugrizov po vsem svetu so pozneje rešili Pasterjevo cepivo in začelo se je obdobje preventivne medicine. Za gradnjo Inštituta Pasteur v Parizu se je začela mednarodna akcija zbiranja sredstev, katere inavguracija je bila 14. novembra 1888.
