V osemdesetih in devetdesetih letih je Sikstinska kapela doživela dolgo in zapleteno shemo restavriranja, ki jo je sponzorirala japonska televizijska korporacija, izvajali pa so jo vrhunski italijanski in mednarodni strokovnjaki. Čiščenje je s fresk odstranilo stoletja umazanije, prahu in dima sveč ter razkrilo nepričakovano briljantne barve, ki delno nasprotujejo slavnim kiparskim lastnostim Michelangelove mojstrovine. Že od samega začetka je projekt obkrožil huda polemika - v katero so vpleteni številni restavratorji, umetnostni zgodovinarji in strokovnjaki na sorodnih področjih. Razprava je bila osredotočena na eno pomembno vprašanje: ali je Michelangelo v maniri slikarjev freske dneva dokončno fresko spremenil s secco (suho) barvo, potem ko se je omet posušil? (Fresko slikarji so to ponavadi storili kot popravek napak, izpopolnili svoja dela in nanesli pigmente, ki niso mogli prenašati stika z vodo.) In če je bilo tako, so morali restavratorji odstraniti vsako plast navzdol na freskotiran omet, ponarejali umetnikove namere ? V tem primeru se zdi, da so senčenje, popravki in lepila, ki so jih odstranili restavratorji, rezultat prejšnjih obnovitvenih kampanj. Medtem ko se še vedno včasih razpravlja o polemiki o obnovitvi Sikstinske kapele, konservatorji umetnosti ne mislijo več na to.
