John Cotton (rojen 4. decembra 1585, Derby, Derbyshire, angleško - umrl 23. decembra 1652, Boston, Massachusetts, ZDA), vplivni puritanski vodja iz Nove Anglije, ki je v glavnem služil kot "učitelj" prve cerkve Boston (1633–52) po izogibanju preganjanju nekonformistov s strani cerkve v Angliji.
Kot izobraževal se je na Trinity College v Cambridgeu, je Cotton leta 1612 postal vikar župnijske cerkve St. Botolph's v Bostonu v Lincolnshireu in na tem položaju ostal 21 let. V tem času je postopoma postajal bolj puritanski v svojih obgledih in je pri opravljanju svojih nalog prenehal upoštevati določene anglikanske verske obrede. Leta 1632 je bil proti njemu sprožen pravni postopek zaradi njegovega nekonformizma, julija 1633 pa je emigriral v zaliv Massachusetts Bay, kjer je postal "učitelj" prve bostonske cerkve in tako ostal do svoje smrti. Njegova priljubljenost v koloniji je bila brezmejna, njegov vpliv tako na civilne kot cerkvene zadeve pa je bil verjetno večji kot pri katerem koli drugem ministru v teokratični Novi Angliji.
Cotton je napisal več del, ki predstavljajo neprecenljivo razstavo kongregacionalizma Nove Anglije, vključno s potjo Kristusovih cerkva v Novi Angliji (1645) in Pot očiščenih kongregacijskih cerkva (1648). Katekizem, ki ga je napisal, Mleko za dojenčke, izvlečeno iz dojk obeh zavezov (1646), se je v Novi Angliji že vrsto let pogosto uporabljal za verouk otrok.
