Zastavo je leta 1967 sprejel Teritorialni svet. Njene neenakomerne navpične črte so označene kot "kanadska bledica", ker ustrezajo tistim iz kanadske državne zastave. (V heraldiki je bleda osrednja navpična črta na ščitu, ki običajno pokriva tretjino ali manj območja.) Zelena črta v zastavi Yukon velja za ozemeljske gozdove, modra pa za reke in jezera; bela je za arktični sneg. Osrednji grb je uradni grb Yukon, ki je bil ozemlju podeljen 24. februarja 1956 s kraljevskim nalogom. Ta grb je zasnoval poveljnik Alan B. Beddoe, zastava pa je bil koncept gospoda Lynn Lambert, študenta Haines Junction.
Na grebenu v grbu je pes Malamute, ki so ga široko uporabljali pri odpiranju območja Yukon, bogato z minerali, v evropsko bivališče. Valovita navpična črta na ščitu stoji za reko Yukon, rdeči trikotniki nakazujejo gore, zlati diski pa se nanašajo na zlato in druge minerale. Križ svetega Jurija (v Angliji) ter heraldični simbol za krzno in teritorialno rožo (ognjenik) dokončata oblikovanje grba.
