Prva državna zastava, ki jo je sprejela leta 1893 in jo je oblikovala gospa Edward H. Center, je imela na hrbtni strani belo polje s pečatom, imenom države in 19 zlatimi zvezdami, ki simbolizirajo Minnesoto kot 19. državo, ki je sledila izvirniku 13; hrbtna stran zastave je bila čisto modra. Ta zastava je bila malo uporabljena, deloma tudi zato, ker je bila njena zasnova količinsko neprimerna za enostavno izdelavo. 19. marca 1957 so ustanovili novo zasnovo; ozadje zastave, podobno kot pri mnogih drugih državnih zastavah, je bilo odslej na obeh straneh modro. Osrednja zasnova iz prvotne zastave iz leta 1893 se je v krožni obliki pojavila na obeh straneh nove zastave.
1. avgusta 1983 so bile v državni pečat narejene spremembe. Pred tem je bil ameriški Indijanec v tjulnju prikazan, da beži pred podeželsko pokrajino, v kateri je kmet plužil, medtem ko je v bližini počival njegov muškat in prašni rog. Prenovljena zasnova še vedno vključuje montirane indijske in druge simbole, vendar se izogiba izvirnim predlogom, da je za napredovanje civilizacije potreben odhod prvotnih prebivalcev dežele. V pečatu ostajajo tudi predstavitve sv. Anthony Falls, zahajajoče sonce in meja ženskih copat cvetov skupaj z datumi prve evropske naselbine v Minnesoti (1819), njegovo sprejemanje v državnopravnost (1858) in sprejetje prve državne zastave. Na rdečem traku je prikazan državni moto „L'Étoile du nord“ („Zvezda severa“). (Pred sprejemom Aljaske v zvezo je bila Minnesota najsevernejša država.)
