Bosna s svojim mešanim etničnim prebivalstvom ni nikoli razvila svoje izrazite nacionalne simbole. Na primer, v Jugoslaviji med letoma 1946 in 1991–92 je Socialistična republika Bosna in Hercegovina preprosto uporabila rdeči transparent z majhno različico jugoslovanske državne zastave v kantonu. Ob razglasitvi neodvisnosti 3. marca 1992 ni obstajala nobena zastava, ki bi bila sprejemljiva za Bosance, Srbe in Hrvate v državi. Vlada, ki je prevladovala bosanka, je zato sprejela, za kar je upala, da bo nevtralen simbol iz daljne preteklosti. Izbrala je grb kralja Stjepana Tomaša (vladal 1443–61), ki ga je pripisal največjemu srednjeveškemu bosanskemu vladarju, Tvrtku I (1377–91). Modri ščit z belo diagonalno črto, ki ločuje šest zlatih flavt-de-lis, je bil postavljen na sredino bele zastave. Umetniško upodobitev, uradno sprejeto 4. maja 1992, je ustvaril Zvonimir Bebek.
Mnogo Hrvatov in Srbov je to zastavo zavrnilo, ko je narod zdrsnil v državljanski vojni. Mirovni sporazumi, podpisani v Daytonu v ameriški zvezni državi Ohio, so konec leta 1995 priznali delitev države med srbsko republiko in federacijo Bosne in Hercegovine, ki se pogosto imenuje hrvaško-muslimanska federacija. Vsaka država je imela svoje simbole, Hrvati pa so še naprej uporabljali hrvaško zastavo pred federacijsko zastavo, toda zastava republike iz leta 1992 je bila še vedno mednarodno priznana.
Sporazumi iz leta 1995 so zahtevali morebitno oblikovanje zastave, ki bo nadomestila zasnovo iz leta 1992, vendar nacionalni zakonodaja v zvezi s tem ni bila učinkovita. Tako so Združeni narodi postavili novo zastavo (4. februarja 1998), ki je ni bilo mogoče simbolično povezati z eno etnično, versko ali politično skupino.
