Tretje dvorišče
Nadstrešnica Vrata Felicityja vodi do tretjega dvorišča ali najbolj notranjega dvorišča, v katerem sta bili zasebna rezidenca sultana in notranja palačarska šola. Vstopili so lahko le sultan, člani njegove družine, hlapci in občasno odobreni obiskovalec. Obiskovalci sultana so lahko šli le tako daleč do dvorane za občinstvo in so morali pričakovati, da bodo sledili strogim običajem. Niso mogli vzpostaviti stikov z očmi ali govoriti neposredno s sultanom, temveč bi spuščali glave, spuščali oči navzdol in govorili s prevajalcem sultana.
Preden se je Murad III v 16. stoletju preselil v harem, so se sultanova stanovanja nahajala na tretjem dvorišču stavbe, ki se pogosto imenuje zbornica svetih relikvij. Ime izhaja iz njegove vloge skladišča islamskih relikvij, vključno s plaščem, mečem in lokom preroka Mohameda, vse to so dobili, ko je Selim I leta 1517 v Egiptu osvojil dinastijo Mamlūk in prenesel kalifat Osmanom.
Spalnice kraljevskih strani, ki so bile del hierarhije služabnikov do sultana, se nahajajo tudi na tretjem dvorišču. Večino strani so zbrali kot dečki iz osvojenega krščanskega prebivalstva prek sistema devşirme, v katerem so bili fantje odstranjeni iz družin kot oblika davka ali davka. Po prejemu novih imen in spreobrnjenju v islam so najsvetlejšim fantom dodeljevali posebne vloge in se med zaslužkom plače strogo izobraževali. Sledili so meritokratiji in lahko dosegli tako visoke položaje kot veliki vezir, toda mnogi moški so bili pri 25 letih osvobojeni in se poročili z dekletom harema ali hčerko sultana. V spalnicah kraljevih strani so zdaj deli cesarskih zbirk. Portreti sultanov se na primer nahajajo v spalnici tajne zbornice, cesarska garderoba pa v spalnici kampanj. Številni predmeti v obeh zbirkah prikazujejo spretnost palače obrtnikov, pa tudi spremembe tehnik in mode. Gledalci lahko opazijo izrazit premik oblačenja v 19. stoletju, na primer skozi garderobo in zbirko portretov, ko je evropska vojaška obleka zamenjala sultanov kaftan in fez zamenjal turban.
Ena najslavnejših zbirk palače je zbirka carskih draguljev, nameščenih v paviljonu osvajalca, tudi na tretjem dvorišču. Skladišča vključujejo tako imenovani diamant Spoonmaker's Diamond, enega največjih razrezanih diamantov na svetu, in smaragdno bodalo Topkapı, ki je predmet spletk iz leta 1964 o kaparskih filmih Topkapi. Kot drugi deli muzejske zbirke, ki jih zbirajo draguljarni zbiralniki na veliko bogastvo Otomanskega cesarstva.
Sredino tretjega dvorišča zaseda knjižnica sultana Ahmeda III, ki je razkošno okrašena kot številne stavbe palače s poslikanimi ploščicami, vitražnimi okni in polkni z vložkom matičnice in slonovine. Knjižna zbirka se je v 20. stoletju utrdila z drugimi palačnimi knjigami in se preselila v mošejo Aghas, ki je največja mošeja v palači in se nahaja v bližini. Zbirka palače Topkapı vključuje redke rokopise, ilustrirane zvezke in starejše kopije Kur'ana, ki jih vsi raziskovalci lahko pogledajo v čitalnici.
Četrto dvorišče
Tretje dvorišče se razprostira na četrtem dvorišču, ki je sestavljeno predvsem iz terasastih vrtov in paviljonov. V njem domujejo bujno okrašena zbornica obrezovanja, bagdadski paviljon in paradion Erevan. Ena najvidnejših struktur četrtega dvorišča je čudovita pozlačena iftar Pergola, kjer bi sultani hitro počili, če bi poleti padel Ramadan. Številni otomanski sultani so se zanimali za cvetje in vrtnarjenje, četrti dvoriščni vrtovi pa so napolnjeni s tulipani, tako kot bi bili v času osmanske vladavine.
Harem
Harem je bil bivalni prostor sultanove družine in je bil strogo razdeljen po spolu. V 16. stoletju je postal tudi sultanova rezidenca, ko je imel Murad III tam zgrajena stanovanja. Tako kot preostala palača je tudi harem nenehno obnavljal in rastel glede na potrebe. Rezultat je precej mazelična postavitev in številni arhitekturni slogi.
Za vstop v harem ali izstop iz njega so se morali prebivalci sprehoditi skozi tlakovano dvorišče črnih evnuhov do Glavnih vrat, imenovanih tudi Kraljeva vrata. Črni evnuhi so varovali harem in so ga verjetno kupovali na trgih sužnjev v osvojenih deželah in kastrirali pred puberteto. Kot kraljevi strani so evnuhi prejemali plače in sledili meritokraciji, a za razliko od strani so bili le nekaj evnuhov kdajkoli osvobojeni. Njihove bivalne prostore, pa tudi blagajna blagajnikov in šola knezov so obkrožali to dvorišče.
Mimo Glavnih vrat je tlakovano dvorišče Kraljice Matere, največje in najbolj osrednje dvorišče harema. Kraljičina mati je bila središče moči v haremu. Imenovala je veljačnega sultana, bila je glavna konzorcija, katere sin se je povzpel na prestol. Pomembno je vplivala tudi na sultana, ki bi se vsako jutro ustavil v svojih centralno nameščenih stanovanjih in jo obveščal o državnih zadevah.
Sultanova stanovanja so bila povezana s kraljino materjo z belim marmornatim dvojnim hamamom, turško kopeljo. Ena stran hamama je bila rezervirana za sultana, druga pa za ženske harema. Preostali del sultanovega bivališča vključuje prestolno dvorano in tri zasebne odaje. Sobna skrivnost Murada III je najstarejša in najbolje ohranjena zgradba v haremu, zasnoval jo je eden najbolj znanih arhitektov Otomanskega cesarstva, Sinan. Kupolast prostor je izredno okrašen s ploščicami Iznik in kaligrafijo, ki recitira verze iz Kur'ana. Še eno zasebno sobo, imenovano Sadna soba, je dodal Ahmed III in je neznačilno okrašena z nežno lakiranim sadjem in cvetjem.
Sultanovi sinovi, hčere, bratje in sestre so živeli tudi v haremu in so zasedali eno od sto haremovih sob. Paviljoni dvojčki, na primer, so bili verjetno bivalni prostori sultanovih sinov v začetku 18. stoletja.
Harem je imel tudi bivalne prostore za služabnice, konkubine in glavne sultanove sopotnike, sobe pa so bile dostopne prek Galerije konkubin pri glavnih vratih. Mnoge od teh žensk so prišle kot darila ali nakupi na trgu sužnjev, ko so bile še mlada dekleta, in kot ostale hlapce palače so sledile meritokratijo. Med opravljanjem plač in usposabljanja so se lotili hlapne naloge, bodisi da bi postali žena ene od strani ali konkubina za sultana. Če se je odločila za samostanovalko, bi se lahko mlada ženska dvignila in prejela boljše nastanitvene prostore, v bistvu, če bi rodila sultana. Če bi bil otrok moški, ki se je povzpel na prestol, bi konkubina takrat prevzela najmočnejši položaj harema kot kraljičine matere. Večina deklet iz harema pa je bila osvobojena pri starosti 16 ali 17 let in se je po treningu poročila.
