Roderick MacKinnon, (rojen 19. februarja 1956, Burlington, Massachusetts, ZDA), ameriški zdravnik, glavni nosilec Nobelove nagrade za kemijo leta 2003, za svoje pionirske raziskave ionskih kanalov v celičnih membranah. Nagrado je delil s Petrom Agrejem, prav tako iz ZDA.
MacKinnon je leta 1982 diplomiral na Medicinski šoli Tufts University. Potem ko se je nekaj let ukvarjal z medicino, se je usmeril k temeljnim raziskavam, začenši leta 1986 s podoktorskim delom na ionskih kanalih na univerzi Brandeis. Leta 1989 se je pridružil univerzi Harvard, leta 1996 pa se je kot profesor in vodja laboratorija preselil na univerzo Rockefeller. Leto pozneje je bil imenovan za preiskovalca na Rockefellerjevem medicinskem inštitutu Howard Hughes.
Ionski kanali so še posebej pomembni za živčni sistem in srce, specializirane odprtine v celičnih membranah, ki ionom, kot sta kalij in natrij, omogočajo, da zlahka tečejo v celice in iz njih; podobne strukture obstajajo tudi za prehod vode. Prelomno delo MacKinnona se je osredotočilo na "filtre" v kanalih, ki so prenašali eno vrsto ionov, medtem ko so blokirali druge. Da bi razumel, kako delujejo ti filtri, je dobil ostrejše slike kanalov z rentgensko difrakcijo. Leta 1998 je določil tridimenzionalno molekularno strukturo ionskega kanala. Kanal, ki ga je odkril MacKinnon, ima arhitekturo, veliko na način, da zlahka odstrani kalijeve ione (vendar ne natrijeve ione) povezanih molekul vode in jim omogoči, da zdrsnejo skozi. Na koncu kanala, ki je najbližje notranjosti celice, je našel tudi molekularni "senzor", ki reagira na razmere okoli celice in pošilja signale, ki ob ustreznem času odpirajo in zapirajo kanal. Njegovo pionirsko delo je znanstvenikom omogočilo razvijanje zdravil za bolezni, pri katerih imajo ionski kanali vlogo.
