Nekoč britanska kolonija, Sejšeli so postali neodvisni 29. junija 1976. Takrat je bila zastava z izmeničnimi trikotniki modre in rdeče, ločene z belim diagonalnim križem. Morda ni naključje, da je bila ta zastava skoraj enaka tisti, ki jo je uporabljala Avstralska združena parna navigacijska družba, katere ladje so v začetku 20. stoletja redno obiskovale otoke. Zastava ni trajala dolgo: 5. junija 1977 je pod vodstvom Sejšelske ljudske združene stranke (SPUP) prišlo do revolucije. Nova zastava je imela rdeče-zelene vodoravne črte, ločene z valovitim belim pasom, ki je bil enak zastavi SPUP, razen v središču izpuščanja rumenega sonca.
Leta 1993 so pritiski tujih sil povzročili demokratizacijo vlade. Vladajoča stranka je izgubila monopol na volitvah, sodelovanje drugih strank v vladi pa je povzročilo zahtevo po manj partizanski državni zastavi. Parlament je odobril zasnovo, ki vsebuje barve različnih strank v zastavi, ki je bila dvignjena 18. junija 1996. Barve zastave so modra (za nebo in morje), rumena (za živo sonce), rdeča (za ljudje in njihovo delo za enotnost in ljubezen), belo (za socialno pravičnost in harmonijo) in zeleno (za zemljo in naravno okolje).
