V poznem 19. stoletju so evropske sile skušale razširiti nadzor v notranjost z obalnih ozemelj, ki so jih prej zasegle v osrednji Afriki. Pod nadzorom belgijskega kralja Leopolda II. Je bilo ustanovljeno združenje Internationale Africaine, ki je leta 1885 razglasilo neodvisno državo Kongo (ali svobodno državo Kongo). Njegova zastava iz leta 1877 je bila modra z zlato zvezdo, ki simbolizira sijoča svetloba na "temnem kontinentu." ZDA so bile prve, ki so priznale državo in njeno zastavo. 30. junija 1960 je njegova država naslednica (belgijski Kongo) postala neodvisna država, ob dvigu zastave pa so dodali šest rumenih zvezd, ki bodo predstavljale šest provinc. Ko je bilo leta 1963 spremenjeno število pokrajin, je prvo zastavo zamenjala ena z rumeno obrobljeno rdečo diagonalno črto in v zgornjem kotu dvigala večjo rumeno zvezdo (zasnova zastave je bila leta 1966 nekoliko spremenjena).
Leta 1971 je predsednik Mobutu Sese Seko spremenil ime države v Republiko Zaire in ustvaril novo državno zastavo - zeleno polje z rumenim diskom z roko in baklo. Mobutujev režim je leta 1997 strmoglavila revolucionarna koalicija pod vodstvom Laurenta Kabila, občudovalca prvega premierja neodvisnega Konga Patricea Lumumba. Kabila je ukazal, da bo zastava Lumumba od 17. maja 1997 nadomestila Zaire. Na novo obnovljena zasnova ni več ustrezala svoji simboliki upravnim resničnostim, saj je imela šest zvezd, država pa osem provinc. Kljub temu je Kongolec spomnil na obnovitev njihovih prvotnih upov in načel iz časa osamosvojitve leta 1960.
Kabilin sin Jožef je postal predsednik po atentatu na očeta leta 2001. Potem ko je mlajši Kabila v državo prinesel merilo stabilnosti, je 18. februarja 2006 razglasil »tretjo republiko«. Državna zastava 1963–66 znova postala uradna, čeprav je bilo polje svetlejšega odtenka modre barve.
