Taksonomski sistemi
Taksonomija, znanost o razvrščanju organizmov, temelji na filogeniji. Zgodnji taksonomski sistemi niso imeli teoretične podlage; organizme smo razvrstili po navidezni podobnosti. Od objave leta 1859 avtorja Charlesa Darwina O izvoru vrst z naravnimi selekcijami pa taksonomija temelji na sprejetih predpostavkah evolucijskega porekla in sorodstva.
Podatki in zaključki filogenije jasno kažejo, da je drevo življenja rezultat zgodovinskega procesa evolucije in da stopnje podobnosti znotraj in med skupinami ustrezajo stopnjam sorodnosti po rodu pred običajnimi predniki. Popolnoma razvita filogenija je bistvenega pomena za oblikovanje taksonomije, ki odraža naravne odnose znotraj sveta živih bitij.
Dokazi za posebne filogenije
Biologi, ki postulirajo filogenije, izhajajo iz najbolj koristnih dokazov s področij paleontologije, primerjalne anatomije, primerjalne embriologije in molekularne genetike. Koristne so tudi študije molekularne strukture genov in geografske porazdelitve flore in favne. Zapis o fosilih se pogosto uporablja za določitev filogenije skupin, ki vsebujejo trde dele telesa; uporablja se tudi za določanje časov razhajanj vrst v filogenijah, ki so bile zgrajene na podlagi molekulskih dokazov.
Večina podatkov, uporabljenih pri oblikovanju filogenetskih presoj, izvira iz primerjalne anatomije in embriologije, čeprav jih hitro presegajo sistemi, zgrajeni z uporabo molekularnih podatkov. Pri primerjanju lastnosti, ki so skupne različnim vrstam, anatomisti poskušajo razlikovati med homologijami ali podobnostmi, podedovanimi od skupnega prednika, in analogijami ali podobnostmi, ki nastanejo kot odziv na podobne navade in življenjske pogoje.
Biokemijske raziskave, izvedene v drugi polovici 20. in zgodnjem delu 21. stoletja, so prispevale dragocene podatke filogenetskim raziskavam. S štetjem razlik v zaporedju enot, ki sestavljajo molekule beljakovin in deoksiribonukleinske kisline (DNK), so raziskovalci zasnovali orodje za merjenje stopnje, v kateri se različne vrste razhajajo, odkar so se razvile od običajnega prednika. Ker ima mitohondrijska DNK zelo visoko stopnjo mutacije v primerjavi z jedrsko DNK, je bila koristna za vzpostavljanje odnosov med skupinami, ki se v zadnjem času razhajajo. V bistvu je uporaba molekularne genetike v sistematiki podobna uporabi radioizotopov v geološkem datiranju: molekule se spreminjajo z različnimi hitrostmi, pri čemer se nekatere, kot je mitohondrijska DNK, hitro razvijajo in druge, kot je ribosomalna RNA, razvijajo počasi. Pomembna domneva pri uporabi molekul za rekonstrukcijo filogenije je izbira ustreznega gena za starost študijanega taksona.
