Michael Haydn, v celoti Johann Michael Haydn (krščen 14. septembra 1737, Rohrau, Avstrija - umrl 10. avgusta 1806, Salzburg), eden najbolj dovršenih skladateljev cerkvene glasbe v poznem 18. stoletju. Bil je mlajši brat Josepha Haydna.
Tako kot njegov brat je Michael Haydn postal zborovodja v katedrali svetega Štefana na Dunaju, tam je prejel svoje zgodnje glasbeno navodilo. Izpustil ga je iz zborovske šole, ko se je njegov glas prelomil, nato pa si je kot samostojni glasbenik zaslužil negotovo življenje. Leta 1757 je postal kapellmeister škofa na Grosswardeinu na Madžarskem (danes Oradea, Rom.), Leta 1762 pa je postal koncertni mojster salzburškega nadškofa. V Salzburgu je ostal koncertir do konca svojega življenja in je leta 1781 nasledil Wolfganga Amadeusa Mozarta kot katedralnega organista.
Michael Haydn je v času svojega življenja veljal za boljšega skladatelja cerkvene glasbe kot njegov brat. Med številnimi množicami, ki jih je napisal, je Missa a due cori (znano tudi kot Missa Hispanica; 1786) izjemno delo za orkestre in vokalne soliste, njegov Requiem iz leta 1771 pa je vplival na Mozartov lastni znameniti Requiem iz leta 1791. Haydn je napisal tudi številne simfonije, divertimenti in druge posvetne skladbe. Bil je intimen Mozartov prijatelj (ki je napisal svoje violinsko-violinske duete, da bi izpolnil neko naročilnico, Haydn je bil preveč bolan, da bi ga lahko dokončal) in bil učitelj Carla Marije von Weber. Po njegovi smrti je Haydnov ugled doživel dolg mrk, in šele po drugi svetovni vojni so bile njegove zasluge znova priznane.
