Ko so Sovjeti prišli na oblast v Zahodnem Turkestanu in so obetali enakost in razvoj za vse etnične skupine, so Kirgizijci dobili svojo samostojno regijo leta 1924. Leta 1926 so jo postavili v status avtonomne republike, 1936 pa je postala zveza republika znotraj ZSSR Kirgiz SSR je leta 1953 sprejel spremenjeno različico sovjetskega Rdečega transparenta, tako da je skozi sredino dodal belo obkroženo modro vodoravno črto. Potem ko je Kirgizistan 31. avgusta 1991 razglasil neodvisnost, je svojo sovjetsko zastavo uporabljal do 3. marca 1992.
Ozadje nove zastave, ki se uporablja še danes, je tudi rdeče, vendar naj bi to izhajalo iz zastave, ki jo je nosil kirgijski narodni junak Manas Plemeniti. V središču zastave je rumeno sonce s 40 žarki, kar ustreza privržencem Manasa in plemenom, ki jih je združil; njeni nadaljnji simbolni atributi so svetloba, plemstvo in večnost. Na tistem soncu je rdeče-rumen emblem z dvema prekrižanima nizoma po tri črte, vse znotraj obroča. To je stiliziran pogled na streho tradicionalnega Kirgiškega doma, jurte. Malo Kirgizijev še vedno živi v jurtih, toda do sredine 20. stoletja je večina tega nomadskega ljudstva postavila jurte kamor koli so potovali. Simbolični pomen te zasnove je izpopolnjen: zakon o zastavi govori o nastanku življenja, enotnosti časa in prostora, zgodovini Kirgizijev, solidarnosti ter ognjišču in domu.
